农业
动植物基因分型
如今的农业基因组学研究者手上有许多种技术。基于芯片的SNP基因分型和测序都被作为发现和筛选工具，在育种决策中提供帮助。无论您是开展大规模的全基因组关联研究(GWAS)，还是作为商业化实验室的一部分提供遗传学服务，Illumina都能提供行业领先的数据质量以及满足任何应用的灵活性内容。
1 精细作图和候选基因区域的基因分型
动植物基因分型可用于创建精细图谱和/或检验基因型-表型假说。结果可用于开展数量性状位点(QTL)分析，以鉴定差异基因表达如何导致表型差异。
2 拷贝数变异
拷贝数变异(CNV)作为一种常见的天然多样性特征，也是遗传的，并且在农业基因组学中发挥重要作用。CNV的差异与健康和生产性状相关联，也导致了表型的多样性。高密度分布的探针可用于鉴定CNV断点，并加速遗传改良工作。研究者仍在确定CNV的影响是关键基因片段的拷贝数差异的结果，还是基因组结构修饰的结果，还是与二者都相关。
3 定制的动植物基因分型
并非每一个非人类物种都经过大量的遗传研究，这导致某些植物和动物缺乏商业化的基因分型芯片。Illumina提供利用感兴趣物种已发现位点来定制的芯片试剂盒，从而让基因分型研究能够鉴定出与所需的表型性状相关联的变异。通过与大型农业基因组学联盟的不断合作，Illumina的技术正被用于鉴定大量物种的相关新标记。
整个基因组的关联作图让人们深入了解将性状与物种的适应（如各种各样的环境条件）相关联的基因位置与结构。这些研究的结果支持植物和动物全基因组选择应用（指纹、净价值和分子标记辅助育种），能增强经济作物和牲畜的价值。Illumina提供商业化芯片，定制芯片以及半定制芯片。
动植物测序
1 De Novo 植物和动物测序
无论一个研究项目是关注新物种，还是之前从未使用遗传工具研究过的物种，de novo 测序和新一代测序(NGS)都是了解植物或动物的功能及其与环境相互作用的遗传基础的第一步。有了长的paired和mate-pair序列数据，一些研究人员能利用组装好的基因组来指定图谱位置和育种信息，以便在后续的重测序中能发现SNP及其他遗传变异。
2 动植物转录组分析
RNA 测序正在彻底改变动植物基因表达的研究，为发育以及疾病和压力条件下发生的表达水平变化提供新的见解。它用来阐明基因和蛋白质的功能及相互作用，鉴定动物或植物基因组所产生的组织特异的RNA转录本列表（mRNA、非编码RNA和小RNA），及用于SNP发现。
3 动植物表观遗传学
对环境变化（食物供应、干旱条件等）的适应性反应可引发植物和动物的表型变化，从而影响它们的生存能力和生殖健康。利用测序来鉴定DNA甲基化、染色质结构和小RNA表达的变化，研究人员可以更好地理解表观遗传学因素如何控制感兴趣物种的相应性状。
4 靶向重测序
靶向重测序深入研究外显子组或特定的基因组区域，这些区域是从大型的关联或连锁研究中鉴定出来的。这种高效而经济的方法对大量样品中预先确定的遗传变异区域进行测序，并鉴定出常见和稀有的变异（SNP、CNV等）。这些变异可能代表了有益的突变，帮助做出育种决策，也可能揭示致病突变，它们引起了动植物疾病或寄生虫易感性。
5 基于测序的基因分型
基于测序的基因分型(GBS)，或新一代基因分型 (NGG)，为发现新的植物和动物SNP和开展基因分型研究提供了一种低成本的遗传筛查方法，往往在多个标本中同时开展。有了这个低成本的常规筛查工具，研究人员可加速育种实践中的投资回报。这种方法的应用包括遗传作图，筛查回交系，纯度检测，构建单体型图谱，以及开展植物农业基因组学研究的关联和基因组选择。
6 土壤和农业宏基因组学
测序已经改变了环境基因组学，让大型微生物群落可在其天然环境中进行研究，而不需要预先培养。这些研究可从与动物和植物发育相关的复杂而多样的微生物群落中得到重要信息，这些微生物群落包括从增强动物消化的瘤胃菌群到参与固氮的根相关细菌。
NGS一直在推进微生物研究。有了NGS，您能够测定基因组中任何位置的变化，而无需先验知识，这对无法培养的微生物尤其关键。单碱基分辨率让您能够追踪短期内微生物在实验室和环境中的适应情况。
